• खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रको समष्टीगत विकास, विस्तार र सम्वर्द्धनका लागि नीति, रणनीति तथा कार्यनीति तर्जुमा सम्बन्धी,
• नीति, रणनीति तथा कार्यनीतिको कार्यान्वयनको सुपरिवेक्षण, अनुगमन तथा नियमन सम्बन्धी,
• खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रमा संलग्न सरकारी, गैरसरकारी र निजी संस्था तथा निकायहरुबीच समन्वय सम्बन्धी,
• खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रसँग सम्बन्धित प्राविधिक, आर्थिक, सामाजिक तथा वातावरणीय विषयहरुमा परामर्श सम्बन्धी,
• संघ स्तरमा गठित वा गठन हुने सबै प्रकारका खानेपानी तथा सरसफाइको क्षेत्रसँग सम्बन्धित समन्वय समितिको सचिवालय,
• खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रमा संलग्न विकास साझेदार बीच समन्वय र सामन्जस्य सम्बन्धी,
• खानेपानी तथा सरसफाइ सम्बन्धमा मन्त्रालयमा पेश हुने विषयमा राय तथा परामर्श सम्बन्धी,
• खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रको दीर्घकालिन योजना तर्जुमा र कार्यान्वयन सम्बन्धी,
• जल प्रदुषण रोकथाम तथा नियन्त्रण सम्बन्धी नीति, रणनीति, कार्यनीति एवं योजना तर्जुमा र कार्यान्वयनको सुपरीवेक्षण, अनुगमन तथा नियमन सम्बन्धी,
• संक्षिप्त वातावरणीय अध्ययन, प्रारम्भिक वातावरणीय परिक्षण (IEE) तथा वातावरणीय प्रभाव मूल्याङ्कन (EIA) सम्बन्धी,
• वातावरणीय प्रभावको अनुगमन एवं परीक्षण गरी प्रतिकूल प्रभावलाई न्यूनिकरण गर्न उपयुक्त प्रविधिको पहिचान, अनुसन्धान, अध्ययन र प्रयोग गर्न गराउन कार्यान्वयन निकायहरुलाई मार्गनिर्देशन गर्ने ।

(क) खानेपानी शाखाः

• खानेपानी आवश्यकताको परिपूर्ति गर्न राष्ट्रियस्तरमा योजनावद्ब रुपमा अल्पकालिन तथा दीर्घकालिन कार्यक्रम तर्जुमा सम्बन्धी,
• कार्यान्वयन निकाय र कार्यक्रमहरु बीच केन्द्रीय स्तरमा गर्नुपर्ने समन्वय सम्बन्धी,
• आयोजनाहरुको सेवाको वर्गीकरण गरी स्तर, प्रकृति, प्रविधि अनुसारको विभिन्न खानेपानी आयोजनाहरुको कार्यान्वयन प्रकृया निर्धारण गर्न तर्जुमा एवं पुनरावलोकन गर्नुपर्ने मार्गदर्शन सम्बन्धी,
• सरकारी, गैरसरकारी तथा नीजि क्षेत्रबाट संचालित सहरी तथा ग्रामिण खानेपानी आयोजनाहरुबाट लाभान्वित जनसंख्या, भएका उपलब्धिहरु, उपलब्ध सेवास्तर तथा अन्य (गुणस्तर तथा परिणाम) व्यवस्थापकीय सूचनाहरुको संकलन, विश्लेषण तथा पृष्ठपोषण सम्बन्धी,
• सरकारी तथा निजी क्षेत्रबाट संचालित खानेपानी आयोजना कार्यान्वयन गर्न उपलब्ध गराउने सहयोग सम्बन्धी,
• दिपक्षीय तथा बहुपक्षीय अन्तराष्ट्रिय संघ संस्थाहरुलाई खानेपानी कार्यक्रमहरु तर्जुमा, अनुगमन तथा मूल्याकंन गर्न उपलब्ध गराउनुपर्ने प्राविधिक सहयोग सम्बन्धी।

(ख) जल प्रदुषण नियन्त्रण शाखा

• जल प्रदुषणसँग सम्बन्धित कानून, नीति तथा मापदण्डहरुको तर्जुमा कार्यान्वयन, अनुगमन, मूल्याङकन, परीक्षण तथा नियमनसम्बन्धी,
• जल प्रदुषण सूचक तथा जल प्रदुषण गुणस्तर सम्बन्धी,
• नदी तथा ताल तलैयाको प्रदुषण सम्बन्धी,
• उद्योगहरुबाट हुने जल प्रदुषण सम्बन्धी,
• मानव मलमुत्रजन्य फोहोर (Faecal Sludge) सम्बन्धी,
• उद्योगहरुबाट निस्किएका फोहोर नियमन सम्बन्धी,
• जल प्रदुषण नियन्त्रणका लागि संस्थागत क्षमता विकास सम्बन्धी।

(ग) वातावरण तथा ढल व्यवस्थापन शाखा

• खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रको विपद् जोखिम न्यूनीकरण तथा पुनःस्थापना सम्बन्धी,
• विकास साझेदारहरुको सहयोगबाट सञ्चालन हुने विपद् व्यवस्थापन र खानेपानी तथा सरसफाइ क्लस्टर र अन्य क्लस्टरसँग समन्वय सम्बन्धी,
• शहरी तथा ग्रामिण क्षेत्रहरुमा वर्षाती तथा ग्राहस्थ ढल निकास (सडक सतहको ढल वाहेक) व्यवस्थापन तथा वातावरणीय सरसफाइ आयोजनाहरुबाट लाभान्वित जनसंख्या, भएका उपलब्धीहरु र उपलब्ध सेवाको स्तर (गुणात्मक तथा परिमाणात्मक) तथा अन्य व्यवस्थापकीय सूचनाहरुको संकलन, विश्लेषण तथा प्राप्त परिणामको पृष्ठपोषण सम्बन्धी,
• मन्त्रालयसँग सम्बन्धित सम्क्षिप्त वातावरणीय अध्ययन, प्रारम्भिक वातावरणीय परिक्षण (IEE) तथा वातावरणीय प्रभाव मुल्याङ्कन (EIA) सम्बन्धी।

(घ) क्षेत्रगत क्षमता अभिवृद्बि शाखा

• क्षेत्रगत समन्वय कायम गरी दक्ष, प्रभावकारी र जवाफदेही खानेपानी तथा सरसफाइ क्षेत्रको विकास सम्बन्धी,
• मन्त्रालय सम्बन्धित विभिन्न निकायहरुसँग समन्वय सम्बन्धी,
• संचालन तथा सेवा प्रदायक (Utility Operators) हरुको मापदण्ड निर्धारण एवं अनुगमन सम्बन्धी,
• प्रदेश, स्थानीय तह र विकास साझेदारसँग समन्वय एवं सहकार्य सम्बन्धी,
• राष्ट्रिय तथा अन्तराष्ट्रिय अनुभव, अध्ययन, ज्ञान तथा सीपहरु आदान प्रदान सम्बन्धी,
• प्रदेश तथा स्थानीय तहमा कार्यरत जनशक्तिको खानेपानी एवं सरसफाइ क्षेत्रमा क्षमता अभिवृद्बि सम्बन्धी,
• गैरसरकारी तथा निजि क्षेत्रको लगानी आकर्षित गर्ने सम्ब्नधी,
• मन्त्रालयसँग सम्बन्धित क्षेत्रको विकासका लागि मध्यकालिन तथा दीर्घकालिन अवधारणा तयारी सम्बन्धी,
• राष्ट्रिय तथा अन्तर्राष्ट्रिय गैरसरकारी संस्थाका प्रस्तावहरु सम्बन्धी।